INFLUENCE DES PRATIQUES AGRICOLES ET DES CARACTÉRISTIQUES PÉDOLOGIQUES SUR LES MICROBIOMES ASSOCIÉS AU BLÉ ET L’INOCULUM INITIAL DU CHAMPIGNON PATHOGÈNE FUSARIUM GRAMINEARUM F/H

Descriptif du poste

Contexte

Dans un contexte de transition agroécologique, il devient urgent de développer de nouvelles stratégies permettant d’assurer une gestion efficace et durable de la pression parasitaire, tout en préservant l’environnement. Le microbiome est aujourd’hui considéré comme un levier prometteur pour limiter l’impact des bioagresseurs sur les cultures (Jacquet et al.2022). Les microbiomes associés aux plantes jouent un rôle essentiel dans la productivité et la durabilité des agroécosystèmes. Ils se retrouvent dans le sol dit de « réserve » et dans le sol en contact direct avec les racines : la rhizosphère. Les plantes recrutent un microbiome racinaire dès les premiers stades de leur développement, à partir du microbiome de réserve (Chaparro et al., 2014 ; Edwards et al., 2015). Les exsudats et autres rhizodépôts de la plante influencent le recrutement des microorganismes présents dans le sol de « réserve ».

Ces microbiomes varient spatialement et temporellement au sein des environnements (Chen et al 2022 ; Dibner et al 2021 ; Karimi et al. 2020).

La variation spatiale du microbiome du sol est travaillé à des échelles spatiales larges (Karimi et al. 2019). En parcelles agricoles, les études s’intéressant au microbiome du sol montre une variabilité importante des microbiomes entre les parcelles, variabilité attribuée aux caractéristiques pédoclimatiques, et également, aux pratiques culturales (Constancias et al., 2015 ; Hartman et al., 2018). Afin de différencier la part associée aux caractéristiques pédoclimatiques et aux systèmes de culture (rotation + itinéraire technique), il est proposé dans le cadre de ce stage d’explorer la variabilité pédologique intra parcellaire pour dissocier le poids des facteurs.

Il est maintenant bien connu que le microbiome du sol peut contribuer à limiter la production de l’inoculum primaire de l’agent pathogène situé dans le sol par des mécanismes de compétition et/ou de production de différents types de composés (Berendsen et al., 2012). De la même manière que pour le microbiome du sol, dans ce stage, il s’agira d’évaluer et d’expliciter la variabilité intra parcellaire de l’inoculum initial de F. graminearum à l’image de la cartographie réalisée dans les épis (Oerke et al. 2010, Xu et al. 2008). 

Missions

L’objectif de ce stage est d’explorer la variabilité intra-parcellaire des microbiomes associés au blé (sol, rhizosphère et racine) et de la quantité de F. graminearum présent dans le sol.

Pour cela, le stagiaire s’appuiera sur un réseau de parcelles de blé de la plaine de la Limagne. Elles seront caractérisées par leurs pratiques culturales et le contexte pédoclimatique. Le stagiaire devra analyser la composition du microbiome (du prélèvement de sol dans les parcelles jusqu’à l’analyse statistique de la communauté composant le microbiome). Il sera également en charge de suivre l’état sanitaire des parcelles choisies.